溃疡性结肠炎的治疗目标是诱导活动性疾病缓解并防止复发。活动性疾病的首选治疗方法取决于内窥镜检查的范围和疾病的临床严重程度。
局部用5-氨基水杨酸（5-ASA）（包括栓剂和灌肠剂）是首选治疗方法。局部5-ASA比口服5-ASA或局部皮质类固醇泡沫或灌肠更有效。
栓剂对直肠炎有效，而灌肠对与脾曲折一样近端的疾病有效。
溃疡性结肠炎
外用的美索拉明灌肠剂（一种常见的5-ASA制剂）可在4周内诱导72％的活动性左侧溃疡性结肠炎患者缓解。种皮质类固醇泡沫也有效，尽管效果不及5-ASA。
但是，它们可能更易于管理，并且保留起来更方便。18岁口服5-ASA是有效的，可能会受到刺激或保留局部制剂困难的患者首选。
口服和局部5-ASA联合使用优于单独使用任一制剂，并且在其他治疗无效时应使用。
口服5-ASA对于轻度至中度活动性溃疡性结肠炎有效，延伸至乙状结肠附近。如果口服5-ASA无效，则添加局部5-ASA比单独口服治疗更有效。
如果对5-ASA联合治疗无效，或者需要更快速反应的患者，则短期口服皮质类固醇激素可能有效。
溃疡性结肠炎
英夫利昔单抗（Remicade）是一种静脉注射的针对肿瘤坏死因子-α的单克隆抗体，对皮质类固醇难治性疾病有效。
严重至暴发性疾病的患者可分为需要紧急住院的患者和可能接受门诊治疗的患者。
提示需要紧急住院的体征和症状包括剧烈疼痛，腹部或结肠扩张，胃肠道出血和毒性反应（例如发烧，心动过速，白细胞增多，贫血）。
对于不需要紧急住院的患者，建议与口服糖皮质激素联合使用最大剂量口服/局部5-ASA联合治疗的试验。
如果症状没有改善并且患者仍然不需要紧急住院，则另外添加英夫利昔单抗作为门诊治疗。
对于没有改善中毒迹象的患者，入院和静脉内注射皮质类固醇激素可降低发病率和死亡率。
如果三到五天后静脉注射皮质类固醇激素无效，则静脉注射环孢素（Sandimmune）或英夫利昔单抗会增加缓解率。
溃疡性结肠炎
对于没有通过添加环孢素或英夫利昔单抗而无法改善的患者，有证据表明，改用其他药物可能会降低结肠切除术的风险。
但是，这会增加感染并发症的风险，因此应根据具体情况做出决定。对于不能通过药物治疗而改善的严重急性或慢性结肠炎患者，下一步是手术直肠切除术。
直肠结肠切除术伴回肠袋肛门吻合术是最常见的。但是，永久性回肠造口术也是一种选择。手术的其他适应症是出血，穿孔或癌变。
尽管手术有潜在的好处，但并发症仍然令人担忧。结肠切除术术后并发症的再次手术率为54％。治疗溃疡性结肠炎首选5-氨基水杨酸，包括栓剂和灌肠剂
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